Jan urodził się 24 czerwca 1386 r. w Capestrano. Pierwsze nauki pobierał w domu ojcowskim. Ojca było bowiem stać na utrzymanie nauczyciela, który pełnił równocześnie obowiązki guwernera. W latach 1405-1411 Jan studiował prawo na uniwersytecie w Perugii. Po ukończonych studiach pełnił urząd doradcy i kancelisty na dworze króla neapolitańskiego.
W roku 1413 z ramienia króla Neapolu, Władysława Andegaweńskiego, namiestnikiem Perugii został Coluccio z Chieti. Do pomocy dobrał on sobie 6 administratorów, po jednym nad każdym okręgiem. Wśród nich znalazł się młody Kapistran. Miał wówczas 26 lat. Jednak w dwa lata potem wybuchła wojna (1415). Jan został uwięziony. Początkowo usiłował zbiec z więzienia i byłoby się to udało, gdyby sznur, zrobiony z bielizny i ubrania, nie zerwał się. Jan spadł na dół i boleśnie się potłukł. Został pochwycony i był tym pilniej strzeżony. Długie miesiące spędzone w potwornych warunkach i w zupełnym opuszczeniu otworzyły mu oczy. Zaczął oddawać się żarliwej modlitwie. Postanowił po wyjściu z więzienia poświęcić się na wyłączną służbę Bożą. Według jego zeznań w więzieniu pewnego dnia pojawił mu się św. Franciszek z Asyżu i zachęcił go, by po uwolnieniu wstąpił do grona jego duchowych synów.
Po złożeniu odpowiednio wysokiego okupu Jan wyszedł na wolność. Postanowił wypełnić natychmiast złożony Panu Bogu ślub. Aby to było możliwe, musiał zrezygnować z życia rodzinnego, do którego wcześnie się sposobił. Hagiografowie nie są w tej sprawie zgodni. Jedni podają, że zerwał zaręczyny, inni – że był już żonaty, ale małżeństwo było non consumatum, więc uzyskał od niego dyspensę papieską.
W czasie studiów filozoficznych i teologicznych Jan Kapistran zetknął się ze św. Bernardynem ze Sieny, który wówczas był w klasztorze jego nauczycielem. Odtąd przyjaźnili się aż do śmierci. Św. Bernardyn właśnie wtedy przeprowadzał dzieło reformy zakonu franciszkańskiego. Poznał się rychło na Janie Kapistranie i mianował go zaraz po święceniach kapłańskich kaznodzieją zakonu. Odtąd Jan za przykładem swojego mistrza przebiegał wioski i miasta Włoch, głosząc konieczność poprawy życia i nawołując do pokuty. Wszędzie też, gdzie tylko nadarzyła się okazja, zakładał klasztory obserwantów według reformy św. Bernardyna.
