Franciszkański zakon żeński, znany w Polsce pod nazwą Sióstr Bernardynek, sięga swymi początkami połowy XV w. Jego powstanie wiąże się z działalnością w Krakowie św. Jana Kapistrana. W 1453 r. założył on pierwszy klasztor pod wezwaniem świętego Bernardyna ze Sieny i dlatego zakonników zaczęto powszechnie nazywać “Bernardynami”. Nazwa ta przeszła na żeńskie wspólnoty, które powstawały w pobliżu klasztorów Bernardynów i przechodziły pod duchową opiekę braci.
Na przestrzeni kilku wieków funkcjonowania Zakonu, istniało ponad 30 klasztorów Sióstr – obecnie jest ich 11 (9 w Polsce, 1 w Rudaminie na Litwie i 1 w Słonimiu na Białorusi). Większość klasztorów zanikła wskutek kasaty. Przez cały czas swego istnienia, Bernardynki zachowały charakter kontemplacyjny. Oficjalna nazwa Zakonu brzmi: “Mniszki Trzeciego Zakonu Regularnego Św. Franciszka z Asyżu”.
Jednym z domów zakonnych Sióstr Bernardynek jest Klasztor położony 30 km na południe od Tarnowa, w Kończyskach koło Zakliczyna nad Dunajcem. Jest to Klasztor kontemplacyjny z papieską klauzurą. Osadzony w przepięknym podgórskim krajobrazie stanowi prawdziwą oazę ciszy i modlitwy.
Założycielką Klasztoru pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa w Zakliczynie jest M. Jadwiga Jurkiewicz (1829-1909). W 1882 r. zachorowała na ciężkie zapalenie oczu, natomiast jej sekretarka s. Elżbieta Schirmeisen, na gruźlicę płuc i łączące się z tym krwotoki. Lekarz zalecił obydwu Siostrom wyjazd na wieś. Korzystając z zaproszenia swego Wuja, ks. Jakuba Rozwadowskiego, który wówczas był proboszczem i dziekanem zakliczyńskim, Siostry przybyły do Zakliczyna 2 sierpnia 1882r., w święto Matki Bożej Anielskiej.
Życzliwe przyjęcie z jakim spotkały się w Zakliczynie nasunęło im myśl, aby pozostać na stałe i założyć tam Klasztor. W związku z tym Siostry skierowały prośbę do Stolicy Apostolskiej. Stolica Apostolska pod datą 13 lipca 1883 r. udzieliła Ordynariuszowi Tarnowskiemu władzy, „ażeby dokonał erekcji kanonicznej nowego klasztoru”.
Ta data uznawana jest za dzień narodzin Klasztoru w Zakliczynie. W uroczystość św. Anny – 26 lipca 1883 r., prowincjał Bernardynów – O. Norbert Golichowski wręczył M. Jadwidze Jurkiewicz dokument Stolicy Apostolskiej, przyznając jej tytuł fundatorki nowego Klasztoru.
Życie w nowym Klasztorze rozwijało się z dnia na dzień. Budowę kościoła i klasztoru ukończono przed zimą 1890 r., a 25 listopada 1890 r., miejscowy proboszcz – ks. Antoni Ochmański dokonał poświęcenia. Od tego dnia miejscu temu patronuje Najświętsze Serce Pana Jezusa. 6 czerwca 1904 r., kiedy biskup tarnowski Leon Wałęga dokonywał konsekracji Kościoła, Klasztor liczył już 15 sióstr.
W latach 1910 – 11 wybudowano mur okalający do dziś zabudowania i ogród klasztorny. W 1911 r. Siostry założyły i przez pewien czas prowadziły szkółkę elementarną; uczyły też robót ręcznych. Siostry zewnętrzne – wyznaczone na pewien czas do zajęć poza klauzurą – pełniły służbę samarytańską wśród okolicznej ludności, odwiedzając chorych i służąc im pomocą. Klasztor przetrwał szczęśliwie obie wojny, nie ponosząc większych szkód.
Siostry z Zakliczyna dały początek wspólnotom zakonnym o charakterze czynnym, które rozwijają działalność w Ameryce Północnej i Południowej. To właśnie z Zakliczyna – w 1894 r. wyjechało do Stanów Zjednoczonych 5 sióstr, a w 1929 r. druga grupa bernardynek wyjechała do Brazylii.
Klasztor podlega jurysdykcji Ordynariusza Tarnowskiego, a opiekę duchową od początku fundacji sprawują Ojcowie Franciszkanie z Prowincji Matki Bożej Anielskiej.
Od 15 marca 1976 r. w przyklasztornym Kościele Sióstr Bernardynek jest całodzienna Adoracja Najświętszego Sakramentu.
